Apbalvojumi
Latvijas PSR Valsts prēmija (1957) par furacilīna resintēzi un ieviešanu ražošanā kopā ar S. Hilleru
Latvijas PSR Nopelniem bagātās zinātnes un tehnikas darbinieces nosaukums (1970)
LZA Gustava Vanaga prēmija (1972)
RTU Paula Valdena medaļa (2000) par izciliem sasniegumiem organiskajā ķīmijā
RTU Paula Valdena medaļa
Latvijas Zinātņu akadēmijas un AS “Grindeks” balva “Zelta pūce” par mūža ieguldījumu jauno speciālistu-ķīmiķu sagatavošanā un heterociklisko savienojumu ķīmijā (2003)
Raksts "Jaunajā Inženierī"
"Neparasti - man piešķirta Grindex balva. Negaidīti.
Pirmo reizi visā savā mūžā saņemu materiālu atbalstu. Esmu daudz dzirdējusi slavinošu vārdu, saņēmusi goda rakstus, ordeņus un medaļas, bet materiālu palīdzību - nekad. (..) Par mani tomēr kāds gadā. Varbūt tāpēc, ka visiem cenšos palīdzēt? Varbūt tāpēc, ka zinātnes laukā strādāju bez atlīdzības?"
E. Gudriniece, 2003.g. decembrī
Balvas
Lai godinātu E. Gudrinieces piemiņu, 2005. gadā tika iedibinātas vairākas balvas:
Emīlijas Gudrinieces balva gada labākajam ķīmijas skolotājam
LZA akadēmiķes Emīlijas Gudrinieces balva gada labākajam jaunajam zinātniekam ķīmijā vai ķīmijas tehnoloģijā
E. Gudrinieces piemiņas medaļa labākajam ķīmijas skolotājam
E. Gudrinieces piemiņas medaļa labākajam jaunajam zinātniekam
LZA akadēmiķu Emīlijas Gudrinieces un Alfrēda Ieviņa stipendija studentiem
Stipendiju konkursa kārtībā piešķir MLĶF bakalaura un maģistra programmu studentiem ar labām un teicamām sekmēm, kuri apgūst ar organisko sintēzi, organisko vielu tehnoloģiju un bioloģiski aktīvajām vielām saistītus priekšmetus un vismaz gadu strādā zinātnisko darbu ķīmijas vai ķīmijas tehnoloģijas jomā